Если вам требуется Создание бекапа все баз данных при помощи mysqldump, то следующей командой
mysqldump -uUser -pPASSWORD --all-databases > database.sqlУ вас получится сделать именно то, что вы хотели.
Для того, что бы его восстановить базы из созданного бекапа можно сделать так
mysql -uUser --password=PASSWORD
source database.sql